合気道の稽古に限らず、武道の稽古は、特に上級者が手加減をすることが大切です。
剣道では「引き立て稽古（指導的立場で稽古をするとき、相手にわからないように上手に打たせて下位者にうまく打てたことへの喜びを味わわせたり、打突の機会を修得させたりするための稽古法です。これを繰返し行うことで、下位者の技量が上がってきます）」という指導法があります。相手を強くしてやろうと思って強い技を掛けるのでは、相手を引き立てることになりません。
「自分はただ自分の稽古になればよいので、人の稽古になろうなどとは思っていない。だから、相手が初心者でもわざと打たせたりはしないのだ」（高柳又四郎）と思っている人の所には、誰も寄ってこなくなります。
「手加減上手は合気道上手」と思って、手加減をして下さい。「自分に優しく、人にはもっと優しく」「相手に怪我をさせてはなりません。怪我とは我が怪しいと書くのです」とも戒められています。

手首関節

片手取り、両手取り、諸手取りで相手の手首を持つ場合、写真の赤丸印を付けた部分（手首関節部）を握ると、知らず知らずのうちに手首関節が炎症を起こして痛くなるので、必ず、写真でサポーターを付けている手首部分を握るようにしなければなりません。手首のくるぶし（親指側：橈骨茎状突起、小指側：尺骨茎状突起）から手に近い方の部分を握られていると、いつまでたっても痛みが取れないので、合気道の稽古が続けられなくなります。

これは、小手返しで極める際も同じで、本来、手首関節を極限まで極めて痛みを与える技でないので、関節の曲がる方向に適度に曲げて投げるようにして下さい。『合氣道技法』（植芝盛平監修、植芝吉祥丸著）の小手返しの説明には、「合気道の鍛錬は、体を強靱にすることが一つの目的である。それには無理のない自然の錬磨が必要である。もし不自然な錬磨を重ねたならば、やがて身体各部に目に見えない悪影響を及ぼし、知らず知らずのうちに身体を損なうことになろう。合気道がそうしたものでないことは、前々から力説している通りである」と注意が明確に述べられています。

肘関節、肩関節

四方投げで肘を伸ばして受身を取ると、肘関節を捻って傷めるので、必ず、投げる人が、受けの手首を肩に付けてから投げて下さい。
第二教、第三教の極めや固めも、技を施す人は少し緩めに、受ける人は少し早めに動いて、痛くなる前に手を叩いて下さい。痛いのを我慢しても、腱や靱帯はほとんど伸びないので、ストレッチすれば伸びるようになると勘違いして辛抱してはなりません。
また、少し痛い時には、痛い方の腕で極め技、固め技をしないことです。無理を続けていると炎症が酷くなって、やがて夜も眠られない程の痛みになります。そうすると、稽古どころか仕事もできなくなります。
十字絡みや肘極めも同様です。
私は、さる高名な先生に十字絡みで投げられようとした時、一瞬、どう飛んで良いか迷いました。そうしたら、とっさに先生の投げの手が緩みました。それで、逆にこの先生は凄い使い手だということが分かりました。

膝関節

合気道の稽古で膝関節を極めるようなことは、通常、行いません。
それでも膝関節が痛くなるのは、受身の時に、毎回、膝が畳に付くからです。この時の衝撃を和らげ、膝痛になることを予防するために膝サポーターを付けることをお奨めしています。
変形性膝関節症で痛くなることもあります。そのようなときには、サプリメントで軟骨成分を補うと良いようです。成分としては、コンドロイチン、グルコサミン、ヒアルロン酸が必要だといわれています。
なお、年配者、高齢者は、座技や畳に抑えつけられるような稽古は、少なめにした方が良いと思います。

仙腸関節、股関節（腰痛）

合気道を続けていて体を動かしているから腰痛とは無縁だとか、無理に腰を捻っていないから腰痛は起こらないということはありません。合気道の技で、腰に良くないというものもありません。
腰痛の８５％は原因が分からないそうですが、諦めていては好きな稽古が続けられません。幸い、腰痛の８５～９０％に効果があるという療法が、認定された整形外科医で受けられます。AKA博田法という手技療法ですが、認定医が近くにあれば試してみると良いと思います。ぎっくり腰、脊柱管狭窄症などに顕著な効果がありました。
それ程重くないときには、立って腰に手を当てて軽く会釈程度前屈し（仙腸関節が緩む）、天井が見える程度に後ろに反る「前屈・後屈体操」を３回、３０分間隔で行うだけで、徐々に腰が軽くなってきます。

アキレス腱、足関節

稽古中に足首を捻挫したり、アキレス腱を切ることがあります。
合気体操（準備体操）で、足首の関節運動、アキレス腱のストレッチ体操を行ってから稽古に入ることで、ほとんど防げると思います。
腱はストレッチしても柔らかく伸びるようになる訳ではないので、まず足首の関節運動をして、筋肉を温めておいてからストレッチをするという順序で行うのが良いと思います。